Puuta on uitettu Höytiäisellä viimeistään 1900-luvun ensimmäisen vuosikymmenen lopulla. Uitto kesti 1970-luvun lopulle. Uiton lisääntyminen johti vuonna 1912 järven rantakuntien lauttaussäännön vahvistamiseen.
Uitto alkoi lauttauittona, ensin hevosponttuiden ja 1930-luvulla varppilaivojen avulla. Uitto kulki järven pohjoisosan lahdilta Puntarinkoskelle ja Kontiolahden satamaan, jossa toimi vuosisadan alkupuolella sahalaitos. Puu uitettiin irtotukkeina, jotka koottiin puomien avulla ns. pyrääksi. 1930-luvulle saakka pyräitä hinasivat hevos- eli vorokkiponttuut. Uitto järven päästä päähän saattoi kestää pari viikkoa. 1930-luvulla hevosvoiman korvasivat hinaajiksi, ns. varppilaivoiksi muutetut "Telkkä" ja "Höytiäinen", jotka olivat aiemmin olleet tavara- ja matkustajaliikenteessä. Nippu-uittoon siirryttiin vasta kun Puntarinkosken voimalaitos rakennettiin. Tukkinippuja Höytiäisellä hinasi "Aaro". 1970-luvulla puunkuljetus siirtyi vesiltä maanteille.
Höytiäisen puutavaraliikennettä lisäsi 1940- ja -50-luvuilla VAPO, joka hankki ja kuljetti polttopuuta Kontiolahden sataman kautta. Satamassa toimi kaksi proomua, "Jukka" ja "Timo", jotka kuljettivat halkolasteja eri puolilta Höytiäistä. Halot oli ajettu jo talvella sopiville lastauspaikoille. Polttopuuksi sopivia koivutukkeja tuotiin satamaan myös uittamalla. Sinne oli tätä tarkoitusta varten rakennettu "ropotti", joka katkoi ja halkaisi tukit ja siirsi halot suoraan rautatievaunuun.
Uitto oli väliin ristiriidoissa kalastuksen kanssa. Koska lauttauksen nähtiin häiritsevän Puntarinkoskella kalan kutua ja poikasalueita, alkoi Pohjois-Karjalan uittoyhdistys Suomen Kalastusyhdistyksen anomuksesta maksaa vuonna 1920 lauttauksesta korvauksia kosken kalastuksen vuokraajalle. Uittoa alettiin myös valvoa entistä tarkemmin. Lauttojen seisottaminen häiritsi rauhoitusalueita järvellä, mistä syystä Kontiolahden kalastuskunta anoi korvauksiakin. Merkittävin haitta kalastajille olivat kuitenkin uiton aiheuttamat pyydystappiot: etenkin 1930-50 -luvuilla käytetty varppaustekniikka tuhosi kalaverkkoja. Reiteistä ilmoitettiin uittokauden alussa, mutta niistä jouduttiin myös poikkeamaan sääolojen vuoksi. Oikein merkityt pyydöt merkitsemättömällä reitillä pyrittiin korvaamaan kalastajalle, mutta tutkintavaikeuksien vuoksi näin ei aina käynyt. Vasta siirtyminen nippu-uittoon 1950-luvulla vähensi pyydystappioita olennaisesti.