Höytiäinen on ollut tärkeä kulkuväylä. Arkisten elinkeinojen lisäksi sitä käytettiin vesitienä kirkkoveneille ja talvisin luotiin jäälle viittateitä. Järvellä oli vuodesta 1895 vuoteen 1929 myös oma paikallinen laivaliikenteensä, josta seudun rahti- ja henkilöliikenne hyötyivät.
Ensimmäinen sisävesilaiva Höytiäiselle saatiin v. 1895, jolloin höyryalus "Höytiäinen" aloitti liikennöintinsä, aluksi ilman säännöllistä aikataulua. Laivan reitit ja aikataulut vakiintuivat ja siitä tuli tärkeä yhteys Kontiolahden, Polvijärven ja Juuan kuntien välille ja myös Joensuuta silmälläpitäen. Liikenne katkesi väliaikaisesti vuosisadan alussa vaikeuttaen varsinkin polvijärveläisten liikkumista ja tavarankuljetusta. Uusi "Höytiäinen" alkoi kuitenkin liikennöidä järvellä 1910-luvulla ja 1920-luvulla aloitti Kontiolahden ja Polvijärven välillä myös "Telkkä"-niminen höyrylaiva.
Liikenteellisesti Höytiäisen alue koki 1900-luvun alkupuolella muutoksen, sillä järven merkitys vesitienä heikkeni maaliikenteen kehittyessä, samalla kun yhteydet alueen ulkopuolelle paranivat. Seudun pääliikenneyhteydet muotoutuivat nykyiselleen tänä aikana. Tärkeimpiä ovat olleet yhteydet Joensuuhun, joka kehittyi 1800-luvun lopulta lähtien Pohjois-Karjalan talous- ja asutuskeskukseksi. Liikenteellisesti edullisimmassa asemassa Joensuuhun nähden ovat olleet järven Kontiolahden puoleiset etelä- ja itäosat. Polvijärveltä rahti- ym. liikenne kulki 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alkupuolella kaupunkiin Höytiäisen yli, mutta hankalien maa- ja vesiyhteyksien vuoksi sieltä suuntauduttiin paljon myös Outokumpuun. Vuonna 1893 rakennettu Karjalan rata Viipurista Joensuuhun sekä vuonna 1911 rakennettu Joensuu-Kontiolahti-Lieksa-Nurmes -rata yhdistivät aluetta keskuksiin.
Kontiolahden sataman sahalle vuonna 1928 rakennettu ratayhteys yhdisti Höytiäisen järviliikennettä maaliikenteeseen, mutta vesiliikenne oli jo tulossa tiensä päähän. Päätiet olivat sinänsä muovautuneet jo 1800-luvun lopulla. Sekä järven itä- että länsirannalla alkoi säännöllinen linja-autoliikenne 1920-luvun lopussa. Läheltä itärantaa kulkevan Juuka-Joensuu valtatien linjayhteydet ovat olleet kuitenkin paremmat kuin Polvijärven repaleisen rannan yhteydet.