Höytiäisen tärkeimpiä pyyntikaloja olivat 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alkupuolella muikku, taimen, made, siika, hauki, lahna, ahven, kuore ja särki. Kontiolahden puoleisella selkävedellä korostuivat syyskutuiset lohikalat - muikku, siika ja taimen - mutta muutkin mainitut kalat ovat tuoneet leivänlisää, rahatuloa ja myöhemmin virkistystä pyyntiverisille.
Vaikka järvi on ollut kalaisa, on kalakantoihin vaikuttanut ihminen toimintoineen. Eniten muutokset ovat näkyneet eteläosien arvokalakannoissa. Höytiäisen lasku (1859) aiheutti ilmeisesti nieriän, säyneen ja harjuksen vähittäisen häviämisen. Höytiäisen oma taimen - kalastajien vanhastaan loheksi kutsuma - siirtyi sopeutumisen ihmeenä uuden laskujoen Puntarinkoskeen lisääntymään. Järveä laskettaessa oli kalastuksen etujen osana väistyä, vaikka osa rantakyläläisistä vastusti järvenlaskua kala-apajien menetystä pelätessään. Puntarinkosken voimalan rakentaminen Höytiäisen kanavan niskalle (1956 - 1958) tuhosi lopulta luontaiset lohi- ja jokisiikakannat. - Säännöstely aiheutti aluksi haittaa myös siian ja hauen järvikudulle, koska aiempi luontainen vedenpinnan vaihteluväli oli ollut pieni.
Monet kalakantojen muutokset ovat edelleen hämärän peitossa: onko syypäänä ympäristömuutokset, kalastaja vai luonto itse? Arvoituksellisin on ollut Höytiäisen muikku, jonka katoaikoja ovat olleet vuodet 1950 - 1960, 1964 - 1978 sekä vuoden 1991 jälkeinen aika, jolloin kanta kuitenkin on säilynyt ajoin pyyntikelpoisena.
Kalakantoja on kauan myös hoidettu, sillä Puntarinkoskelle perustettiin Suomen oloissa varsin varhainen kalanviljelylaitos vuonna 1908. Laitoksen perusti kosken vuokraajana vuodesta 1897 alkaen ollut Joensuun pormestari W. Wallenius, joka tunnettiin myöhemmin myös tehtävistään maamme kalastushallinnossa ja järjestöissä. Syynä oli paikan soveltuvuuden ohella järvenlaskun jälkeinen lohen väheneminen Höytiäisessä, mikä johtui kosken ryöstöpyynnistä ja tukinuitosta. Laitos tuotti lohen, siian ja nieriän poikasia Höytiäisen lisäksi muuallekin Suomeen ja se oli istuttanut jo vuokra-aikanaan 1930-luvulle tultaessa noin miljoona lohenpoikasta. Voimalan tultua tämän valtion haltuun siirtyneen laitoksen toiminta siirtyi Muonioon, ja paikallisen kalanviljelytoiminnan aloitti uudelleen vuonna 1958 Kontiolahden Pitkälammella Pohjois-Karjalan maanviljelysseura. Pitkälammen laitos toimi koko maakunnan keskuskalanviljelylaitoksena. Sille siirtyi Höytiäisen istutusvelvoitteiden toteuttaminen, ja se kunnostautui erityisesti Pielisjoessa ja Koitajoessa lisääntyneen järvilohen emokalakannan pelastajana.
Kontiolahti on valtakunnallisesti kuulu kalatalouspaikkakunta, joka tunnetaan "kalataloussuvuistaan", etenkin Puhakoista ja Niemeläisistä. Kalastajat osallistuivat itse ahkerasti kalavedenhoitoon, etenkin kun kalastuskuntien toiminta alkoi 1930-luvulla. Istutusmenetelmät sekä kalavesien suunnitelmallinen hoitotyö kehittyivät aikanaan ja varsinkin 1970-luvulta lähtien Höytiäisen arvokalakannat elpyivät ja runsastuivatkin. Taimenen ohella istutetaan menestyksellä järvilohta. Nieriän istutusta on kokeiltu, harjus on saatu kotoutettua järveen uudelleen ja kookkaaksi kasvavan planktonsiian istutukset ovat tuottaneet tulosta. Eniten kalastusta on kuitenkin mullistanut kuha, josta istutusten ja lämpimien kesien vuoksi on tullut jopa pääsaalis.