Höytiäinen kehittyi omaksi järvekseen, kun nouseva maa kuroi sen irti merestä noin 9 500 vuotta sitten. Tässä historiankulussa ei ole vielä järisyttävän suurta eroa muiden suurjärviemme kokemiin vaiheisiin. Mutta siinä on, että järvi syntyi kuin uudestaan vuonna 1859 valtaisan järvenlaskun seurauksena, vedenpinnan pudottua 9,5 metriä ja järven alan pienennyttyä yli 450 neliökilometristä nykyiseen.

Höytiäinen kuuluu geologisesti karjalaisen liuskevyöhykkeeseen, jonka alueella yleisin kivilaji on hienojakoista kiilleliusketta. Liuskeisuuden suunta on järven pituusakselin mukainen eli luoteesta kaakkoon. Usein nämä liuskepatjat ovat myös jyrkästi itään tai länteen viettäviä.

Järvenlasku paljasti noin 15 700 hehtaaria vesijättömaata järven ja saarten ympäriltä. Vesimäärästä purkautui yli puolet, noin 3000 miljoonaa kuutiometriä. Uutta maata paljastui mantereelle keskimäärin 350 metrin leveydeltä, enimmillään ranta siirtyi jopa 5 kilometriä pohjoisten lahtien perukoissa.

Höytiäisen ranta- ja saaristoluonnolle on leimallista kaksijakoisuus, mikä ilmenee pohjoisosien rehevyytenä ja toisaalta etelä- ja itäosien karuutena.

Höytiäisen laskeminen ei suinkaan ollut vahinko, vaan hyvin huolella suunniteltu operaatio. Vaikka viranomaisten rooli oli hankkeessa tärkeä, järvenlasku oli nimenomaan kansanomaisen sosiaalisen yhteistyön voimannäyttö. Tämä kiteytyi suuressa, 165 osakasta käsittäneessä laskuyhtiössä. Vastaavanlaiset yhtiöt olivat taustalla Suomen yli 2 000 järvenlaskussa perinteisen työyhtiötoiminnan kirjoittamattomien oikeussääntöjen pohjalta.

Höytiäisen rantamilla asui pyyntiväestöä jo esihistoriallisella ajalla. Histo­riallisen ajan sarastaessa koko Pohjois-Karjala oli siirty­nyt laato­kan­karjalai­sen asu­tus­toi­minnan pii­riin, miltä ajalta on peräisin Kon­tioniemessä viimeistään 1400-luvun puoli­välis­tä al­kaen si­jainnut Asilan karjalais­kylä. 1600-luvulla ky­lä­asutuksina erottuivat vasta Kon­tiolahti sekä Polvi­järven puo­len Kinah­monsaa­ri ja Martonvaara, mutta järvenlaskun kynnyk­sel­lä olivat jär­ven ympäristöön jo muodostuneet nykyiset kahdeksan vanhaa kylää.

Höytiäisen tärkeimpiä pyyntikaloja olivat 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alkupuolella muikku, taimen, made, siika, hauki, lahna, ahven, kuore ja särki. Kontiolahden puoleisella selkävedellä korostuivat syyskutuiset lohikalat - muikku, siika ja taimen - mutta muutkin mainitut kalat ovat tuoneet leivänlisää, rahatuloa ja myöhemmin virkistystä pyyntiverisille.

Kontiolahti oli 1600-1700 -luvuilla tiettävästi järven tärkein kalastuskylä Kinahmonsaaren ohella. Ranta-asutuksen lisääntyessä jo ennen järvenlaskua Höytiäisestä tuli kaikkien vanhojen ympäristökylien kala-aitta. Talolliset hankkiutuivat nuottaamaan järvelle pyyntikausina edempääkin. Ulappavesien kaukonautinnasta kertoivat kalasaunojen ja pyyntilaitteiden jäännökset vanhalla maalla, ja Viinijoen lohi- ja siika-apajilla oli paikallisten virkamiesten tuottoisa kruununkalastus 1700-luvun alkupuolelta järvenlaskuun saakka.

Höytiäisen muikun kalastus oli 1800-luvun lopulle saakka rantanuottausta mannerrannoilla ja saarissa alkukesäisin ja syksyisin. Nuottaus sai vuosisadan vaihteessa rinnalleen pohjaverkkopyynnin.

Järvenlaskun jälkeen vanhat järvenrantakylät menettivät yhteyden omiin kalavesiinsä - Höytiäinen miellettiin nyt ympäristön asutuksen yhteiseksi kalavedeksi.

Höytiäinen on ollut tärkeä kulkuväylä. Arkisten elinkeinojen lisäksi sitä käytettiin vesitienä kirkkoveneille ja talvisin luotiin jäälle viittateitä. Järvellä oli vuodesta 1895 vuoteen 1929 myös oma paikallinen laivaliikenteensä, josta seudun rahti- ja henkilöliikenne hyötyivät.

Puuta on uitettu Höytiäisellä viimeistään 1900-luvun ensimmäisen vuosikymmenen lopulla. Uitto kesti 1970-luvun lopulle. Uiton lisääntyminen johti vuonna 1912 järven rantakuntien lauttaussäännön vahvistamiseen.